1990年9月海峡两岸红十字组织代表韩长林、陈长文等在金门对双方参与见证其主管部门执行海上遣返事宜举行工作商谈，经充分交换意见后，达成协议。协议如下：
　　一、遣返原则：
　　应确保遣返作业符合人道精神与安全便利的原则。
　　二、遣返对象：
　　（一）遣返有关规定进入对方地区的居民（但因捕鱼作业遭遇紧急避风等不可抗力因素必须暂入对方地区者，不在此列）。
　　（二）刑事嫌疑犯或刑事犯。
　　三、遣返交接地点：
　　双方商定为马尾--马祖（马祖--马尾），但依被遣返人员的原居地分布情况及气候、海象等因素，双方得协议另择厦门--金门（金门--厦门）。
　　四、遣返程序：
　　（一）一方应将被遣返人员的有关资料通知对方，对方应于二十日内核查答复，并按商定时间、地点遣返交接。如核查对象有疑问者，亦应通知对方，以便复查。
　　（二）遣返交接双方均用红十字专用船，并由民用船只在约定地点引导。遣返船、引导船均悬挂白底红十字旗（不挂其它旗帜，不使用其它的标志）。
　　（三）遣返交接时，应由双方事先约定的代表二人，签署交接见证书。
　　五、其他：
　　双方应尽速解决有关技术问题，以期在最短期间内付诸实施。如有未尽事宜，双方得另行商定。